Glype - это self-hosted скрипт, т.е. ставится на сервер.
Ну и следствие этого - работа через браузер.
Вопрос был в том, что нет готовых альтернатив в том плане, что десктопного софта, с цепочками, миксованием трафа и возможностью замены стандартного хука прокси в системе.