Закрывать служебные файлы реально важно, потому что если кто-то случайно к ним доберётся, там часто пароли и ключи лежат, и всё почти как на ладони. Настройка прав доступа — это база, но лучше уж перестраховаться и заблокировать напрямую, чтобы случайно не вывалилось что лишнее. Паранойя — не всегда плохо, когда речь о безопасности сайта.